Am Christlichen Gymnasium Jena finden Schülerinnen und Schülern unabhängig von ihrem religiösen oder weltanschaulichen Bekenntnis Raum zur Entfaltung ihrer Interessen und Begabungen. Die Lernenden werden zu selbstständigem Handeln angeleitet und entwickeln sich zugleich durch gemeinsame Rituale wie wöchentliche Gottesdienste und Projektarbeit im Team zu verantwortungsvollen Mitgliedern der Schulgemeinschaft.
Eine Besonderheit ist das projekt- und handlungsorientierte Fach „Globales Lernen“. In dessen Fokus stehen Diakonische Arbeit, Ökologie, Gesundheitserziehung und Globalisierung aber auch Übernahme von Verantwortung. Der Unterricht mündet in verschiedene soziale Projekte. In Klasse 9 ist ein Sozialpraktikum verbindlich zu absolvieren. Zum Bildungsauftrag und Bildungsverständnis als offene Ganztagsschule gehört zudem ein breit gefächertes Angebot von Arbeitsgemeinschaften, in denen kulturelle und freizeitpädagogische Themenstellungen bewusst und überlegt einbezogen werden.
Das Gymnasium unterhält Partnerschaften zu Schulen in Frankreich und Chile. Der Profilbereich Wirtschafts- und Sozialwissenschaften/Informatik wird von der Carl-Zeiss AG unterstützt und pflegt einen Austausch mit einem Gymnasium in Polen. Unterstützt wird die Schule vom Förderverein „Christliche Schule Jena e.V.“ und der Kirchengemeinde vor Ort.
Gebäudefoto (c) Michael Miltzow, Weimar